Murphy khởi nghiệp trong màu áo Crewe Alexandra từ năm 1993. Năm 1997 anh chuyển sang chơi cho Liverpool. Cùng Liverpool anh đã có một quãng thời gian thành công. Năm 2001 anh cùng Liverpool đoạt cú ăn ba Cúp FA, Cúp liên đoàn bóng đá Anh, cúp UEFA, một lần về nhì ở ngoại hạng Anh năm 2002, về nhì cúp liên đoàn năm 2003. Trong ba mùa giải 2001-02, 2002-03, 2003-04, anh đều ghi bàn trong những trận đấu của Liverpool và Manchester United ở Old Trafford. Vào tháng 8 năm 2004, Murphy gia nhập Charlton Athletic với giá 2,5 triệu bảng. Trong 2 năm ở đây, anh đã có được quãng thời gian thành công. Anh có một lần được gọi vào đội tuyển bóng đá quốc gia Anh ở mùa giải 2005-06, và một lần được bầu là cầu thủ xuất sắc nhất tháng 9. Vào ngày 31 tháng 1 năm 2006, anh chuyển sang Tottenham Hotspur với giá 2 triệu bảng Anh. Anh có bàn thắng đầu tiên vào ngày 1 tháng 10 năm 2006 vào lưới Portsmouth F.C. khi trận đấu mới bước sang giây thứ 39. Vào ngày 31 tháng 8 năm 2007 Murphy chuyển sang đầu quân cho Fulham F.C.. Ở mùa giải 2008-09, anh được Roy Hodgson bầu làm đội trưởng đội bóng. Murphy có bàn thắng thứ 100 của mình trong sự nghiệp vào ngày 9 tháng 11 năm 2008 vào lưới Newcastle United.